Ενδιαφέροντες ομίλους, αλλά χωρίς ακόμη συνάντηση των «μεγάλων» προέκυψαν από την κλήρωση για τη δεύτερη φάση του νέου Κυπέλλου. Το σύστημα περιλαμβάνει τη διεξαγωγή τριών αγώνων με γηπεδούχο εκείνη που ήταν σε χαμηλότερο γκρουπ δυναμικότητας. Η πρώτη αγωνιστική θα γίνει 23-25 Σεπτεμβρίου, η δεύτερη 28-30 Οκτωβρίου και η τρίτη 2-4 Δεκεμβρίου. Στους «16» προκρίνονται οι δύο πρώτοι κάθε ομίλου.
Αναλυτικά οι όμιλοι:
1ος Όμιλος: Ολυμπιακός, Πανιώνιος, Φωστήρας, Παναχαϊκή.
2ος Όμιλος: ΠΑΟΚ, ΠΑΣ Γιάννινα, Κασσιόπη, Απόλλων Καλαμαριάς.
3ος Όμιλος: ΟΦΗ, Skoda Ξάνθη, Νίκη Βόλου, Ζάκυνθος.
4ος Όμιλος: Λεβαδειακός, Πλατανιάς, Εθνικός Γαζώρου, Ηρακλής.
5ος Όμιλος: Ατρόμητος, Πανθρακικός, ΑΕΚ, Ηρακλής Ψαχνών.
6ος Όμιλος: Εργοτέλης, Βέροια, Ερμιονίδα, Απόλλων Σμύρνης.
7ος Όμιλος: Αστέρας Τρίπολης, Καλλονή, Τύρναβος, Αιγινιακός.
8ος Όμιλος: Παναθηναϊκός, Παναιτωλικός, Χανιά, Ολυμπιακός Βόλου.
Οι δύο πρώτοι κάθε ομίλου προκρίνονται στους «16», από όπου και θα διεξάγονται διπλοί αγώνες μέχρι και τα ημιτελικά. Ο τελικός έχει προγραμματιστεί να διεξαχθεί στις 9 Μαΐου του 2015 στο ΟΑΚΑ.Πριν την έναρξη της διαδικασίας, ο Αλέξης Κούγιας εξέφρασε ενστάσεις για το νέο σύστημα διεξαγωγής αναφέροντας πως «… καλούμαστε να χρηματοδοτήσουμε μια διαδικασία στην οποία δεν θα έχουμε κέρδη. Με τον τρόπο που μεθοδεύτηκε να γίνει το Κύπελλο φέτος είναι δοκιμασία για τις ομάδες της Football League. Αν δεν κληρωθούμε με Ολυμπιακό, Παναθηναϊκό ή ΠΑΟΚ, θα μπούμε σε μια διαδικασία παιχνιδιών χωρίς να έχουμε έσοδα. Δεν ξέρω ποιος νοσηρός νους τα σκέφτηκε αυτά».
