Ένα άλλο ζήτημα που υπάρχει στο Αιτωλικό με τη λιμνοθάλασσα είναι αυτό με τη διαχείριση των λυμάτων της περιοχής. Από το Δήμο Μεσολογγίου κατασκευάζεται η επέκταση – αναβάθμιση του βιολογικού των Οινιαδών και η κατασκευή αγωγού για τη μεταφορά των λυμάτων του Αιτωλικού. Κάτοικοι και φορείς του Αιτωλικού εκτιμούν ότι η διαχείριση των λυμάτων στο Αιτωλικό δεν γίνεται με τον πλέον ενδεδειγμένο τρόπο, με αποτέλεσμα να επιβαρύνεται η περιβαλλοντική κατάσταση της λιμνοθάλασσας.
Όμως για το Υπουργείο από τα αστικά λύματα δεν προκύπτει πρόβλημα για τη λιμνοθάλασσα. «Τα στοιχεία που μου δίνουν οι δικές μας υπηρεσίες είναι ότι το αποχετευτικό δίκτυο του οικισμού Αιτωλικού καλύπτει το σύνολό του και η εγκατάσταση επεξεργασίας λυμάτων λειτουργεί ικανοποιητικά και μάλιστα με τις παραμέτρους εκροής να ικανοποιούν τις απαιτήσεις της Οδηγίας 91/271/ΕΟΚ» ανέφερε η υφυπουργός Περιβάλλοντος, Μαριλένα Σούκουλη – Βιλιάλη προσθέτοντας ότι το ΥΠΕΝ διαθέτει Εθνική Βάση Δεδομένων Εγκαταστάσεων Επεξεργασίας Λυμάτων, στην οποία καταχωρούνται και αξιολογούνται τα λειτουργικά δεδομένα των εγκαταστάσεων.







