Εκτός προγράμματος απονιτροποίησης ευαίσθητων περιοχών από τη χρήση λιπασμάτων έμεινε η Αιτωλοακαρνανία μετά από αδράνεια της Περιφέρειας Δυτικής Ελλάδος.
Για τα προγράμματα απονιτροποίησης έχουν διατεθεί τα τελευταία χρόνια 35 εκατομμύρια ευρώ από το Ευρωπαϊκό Γεωργικό Ταμείο Αγροτικής Ανάπτυξης (ΕΓΤΑΑ) και από εθνικούς πόρους.Οι περιοχές όπου εφαρμόζεται το πρόγραμμμα είναι: η Ανατολική και Δυτική Θεσσαλία, καθώς και περιοχές του Νομού Φθιώτιδας, Βοιωτία, Αχαΐα, Ηλεία, Αργολίδα, Κεντρική Μακεδονία και οι πεδιάδες Στρυμόνα (Σέρρες) και Αρτας – Πρέβεζας. Η Αιτωλοακαρνανία αν και κατ΄εξοχήν αγροτική περιοχή και με πλούσιο υδροφόρο ορίζοντα, έμεινε εκτός τους προγράμματος παρ’ όλο που αρκετές έρευνες έχουν δειξεί πως ο νομός λόγω της υπεροβολικής και κακής χρήσης λιπασμάτων έχει επιβαρυνθεί αρκετά. Μάλιστα αυτή η επιβάρυνση θεωρείται από πολλές ιατρικές μελέτες καρκινογόνος αιτία.
Στόχος του προγράμματος είναι η αποκατάσταση του περιβάλλοντος μέσω:
-Της μείωσης των εφαρμοζόμενων λιπασμάτων σε σχέση με τα προβλεπόμενα στα αντίστοιχα προγράμματα δράσης.
-Της μείωσης της κατανάλωσης νερού.
-Της δημιουργίας χώρων οικολογικής αντιστάθμισης Οι εντασσόμενοι στο πρόγραμμα Απονιτροποίησης υποχρεούνται να εφαρμόζουν καθ’ όλη την περίοδο δέσμευσης, μια από τις παρακάτω μεθοδολογίες:
α) Συνδυασμός μόνιμης αγρανάπαυσης και μείωσης των εφαρμοζόμενων λιπαντικών μονάδων.
β) Συνδυασμός αμειψισποράς – ακαλλιέργητου περιθωρίου και μείωσης των εφαρμοζόμενων λιπαντικών μονάδων. Ταυτόχρονα ενεργοποιείται και η προκήρυξη του προγράμματος ενίσχυσης της βιολογικής γεωργίας και κτηνοτροφίας.
